Buenísimo punto. Como te interesa mejorar las estructuras reproductivas (los basidiocarpos), la selección la tenés que hacer por reproducción vegetativa, es decir clonándolo. Pero es justo ahí donde está el quid de la cuestión que hace que sea fácil la selección artificial en hongos. Como la reproducción es por clonación, es muy fácil hacer selección artificial de un caracter. Brevemente, las hifas que conforman el basidiocarpo (píleo, sombrero) son (n+n) portando la carga de las dos hifas progenitoras. La meiosis se da recién en la formación de esporas, por lo que el basidiocarpo en realidad mantiene los caracteres de ambos progenitores. Cuando uno clona, generalmente los caracteres tienen transmisión vertical no cruzada de una generación a otra. Si uno clona este micelio, es casi garantizado que el caracter aparezca mucho más frecuentemente en diferentes individuos de la misma población en el siguiente cultivo.
Después lo otro que decís Tomás es lógico y muy necesario. Es necesario hacer tests de concentración de psilocibina/psilocina si es lo que tenés en mente mejorar, dado que es una característica no visible. Sino a la larga también podés llegar a esto, pero es serendipia en el mayor de los casos. O sea, eventualmente terminaste con una carga de psilocibina más alta, tal vez por asociación con otro caracter más visible. Por ejemplo, lograste una selección artificial para sombreros más grandes y por asociación éstos terminaron teniendo más psilocibina. Esto pasó con las naranjas en China por ejemplo, que buscaban naranjas más grandes y por cruzar la variedad sinensis con la aurantia obtuvieron no solo naranjas más grandes, sino con menor producción de semillas.
Puede ocurrir lo contrario también, que los sombreros más grandes que lograste tengan menos psilocibina. Esto pasa muchísimo también con la selección artificial. Mirá la cantidad de razas de perros que existen que tienen asociados problemas.
Los hongos son diferentes a las plantas, sí, pero no por eso impermeable a la selección aritificial. Después de todo así es como vamos obteniendo diferentes cepas, no?
Hay quienes insisten que todavía un cucumelo es un cucumelo, y hay otros que ya andan haciendo tablas de cuales tienen pegue más visual o sensorial, o son más aptos para principiantes o dan mejor producción por bandeja.